分子之心MMDesign技术报告：19个项目18个成功，6个GPCR靶点全命中

分子之心公布其AI蛋白质从头设计平台MMDesign的最新技术报告，覆盖18个不同靶点、纳米抗体（VHH）和大环肽两类分子模态共19个设计项目。每个项目仅测试9-50个候选分子，中位数21个，最终18个项目获得经实验确认的结合分子，项目成功率达94.7%；全部453个受测候选中有139个确认结合，整体候选命中率30.7%，15个项目至少拿到两个结合分子。 报告将流程固定为“生成-筛选-验证”统一工作流：先在计算空间生成数万个候选，再经结构可靠性、序列天然性和基于统计物理的多层评估压缩候选集合。GPCR系列是技术成色的直接检验，CCR7、CCR8、EP2、GPR68、NK3R、A2AR六个靶点全部获得实验确认的结合分子，各靶点候选命中率介于12.1%至100%，最优亲和力均达纳摩尔级，GPR68最优KD低至12.1纳摩尔；NK3R的30个受测候选全部命中，GPR68的11个候选中10个命中。在Thera-SAbDab数据库查无已编目治疗性抗体先例的5个GPCR靶点上，89个受测设计中有53个获得结合，候选命中率59.6%。 跨轮次优化方面，对6个此前已有结合分子的靶点再设计，5个在命中率、最佳亲和力或两者上获得提升；PDGFR候选命中率由4.0%升至21.1%，最佳KD由150纳摩尔优化至37纳摩尔。跨模态方面，大环肽MDM2项目21个候选中16个命中，命中率76.2%，最佳KD为13.7微摩尔；PD-L1项目28个候选中11个命中，最佳KD为40.2微摩尔。可开发性方面，部分VHH-Fc候选在10毫升培养规模的CHO细胞表达实验中表现良好，纯化后候选多以非聚集主峰组分存在，对胰岛素和双链DNA的非特异性反应较低。 结构预测底座为自研全原子模型MMFold。在FoldBench全部172个抗体-抗原界面评测中，MMFold的Top-1高质量结构预测成功率达39.0%，约为AlphaFold 3对照结果19.8%的两倍；Top-1整体成功率70.9%，Top-5整体成功率76.7%。在160个共同界面子集上，MMFold的Top-1高质量成功率达39.4%，高于OpenDDE报告的33.0%与Protenix-v2报告的28.2%。 整套技术版图还包括多模态蛋白质基础大模型NewOrigin（达尔文）、动态模拟工具QuantaMind，以及把模型工具与研发流程串成“生成-计算-实验-迭代”闭环的AI原生研发操作系统MoleculeOS。创始人许锦波表示，此次扩展评估的意义在于将一次性的设计成功转化为可重复、可扩展的研发能力。